La chiesa fu completata dopo 15 anni circa, anche per i lasciti della stessa signora Faenza che donò tutti i suoi beni al monastero, e consacrata dal vescovo di Mileto, Pietro Pitar, il 18 marzo 1618, come ricorda l’epigrafe posta all’ingresso.
Il convento degli Agostiniani fu soppresso da una legge eversiva contro gli ordini religiosi voluta dal re Giuseppe Bonaparte con decreto del 13 novembre 1807, quindi Chiesa e convento passarono al demanio.
Con decreto del 25 aprile 1813, re Gioacchino Murat concedeva chiesa e convento al Comune di Modugno, con l’obbligo di destinare il fabbricato ad ospedale e mantenere la chiesa aperta al pubblico.
Nel 1820 il tutto veniva affidato dal Comune all’Opera Pia Sacro Monte di Pietà perché curasse l’amministrazione ospedaliera e mantenesse il culto del tempio. Per una serie di vicissitudini amministrative la proprietà del complesso venne iscritta in Catasto all’Opera Pia. Per cui nonostante l’intervento dell’arcivescovo Marcello Mimmi, che nel 1941 affidava all’arciprete Alvigini il mandato di svolgere le opportune pratiche per l’uso perpetuo della chiesa, l’idea fu abbandonata anche a causa delle vicende belliche del secondo conflitto mondiale.
Finalmente, dopo una serie di traversie, il 2 dicembre 1950 la nuova parrocchia venne eretta col nome di S. Agostino ed il 10 dicembre successivo, il primo parroco Biagio Trentadue prendeva possesso della chiesa. Successivamente lo stesso parroco, con l’acquisto di nuovi suoli, faceva costruire la casa canonica ed un complesso di costruzioni per opere parrocchiali.

Vittorio Polito